RT-PCR Reverse transcription polymerase chain reaction

Los pacientes que cumplen los criterios para casos sospechosos, deben someterse a pruebas de SARS-CoV-2, además de las pruebas para otros patógenos respiratorios.
En los Estados Unidos, los CDC recomiendan la toma de muestras para analizar el SARS-CoV-2 del tracto respiratorio superior (torunda nasofaríngea y orofaríngea) y, si es posible, la parte inferior tracto respiratorio (esputo, aspirado traqueal o lavado broncoalveolar) [1]. La inducción de esputo no está indicado. También se pueden recolectar muestras adicionales (p. Ej., heces, orina). La toma de muestras respiratorias debe realizarse bajo precauciones por su carácter aerotransportado.

Interpretación:
Una prueba positiva para SARS-CoV-2 generalmente confirma el diagnóstico de COVID-19, aunque resultados de falsos positivos es posible.
Se han documentado pruebas falsas negativas de muestras de las vías respiratorias superiores. Si la prueba inicial es negativa pero la sospecha de COVID-19 permanece, determinar la presencia de infección es importante para el manejo o control de infecciones, se sugiere repetir la prueba. En tales casos, la OMS también recomienda analizar muestras de las vías respiratorias inferiores, si es posible [2]. Las precauciones de control de infección para COVID-19 deben continuar mientras se realiza la evaluación repetida.
La precisión y los valores predictivos de las pruebas de SARS-CoV-2 no han sido sistemáticamente evaluados, y la sensibilidad de la prueba probablemente depende del ensayo preciso de RT-PCR, el tipo de muestra obtenida, la calidad de la muestra y la duración de la enfermedad en el momento de la prueba. En un estudio de 51 pacientes hospitalizados en China con fiebre o síntomas respiratorios agudos hubo una prueba positiva de RT-PCR de SARS-CoV-2 (principalmente en hisopos de garganta);15 pacientes (29 %) tuvieron una prueba inicial negativa y solo fueron diagnosticados por pruebas en serie [3]. La probabilidad de una RT-PCR positiva de las vías respiratorias superiores puede ser mayor al comienzo de la enfermedad. Un estudio que utiliza una combinación de RT-PCR y una prueba serológica de IgM para hacer el diagnóstico de COVID-19 sugirió que las tasas de positividad de RT-PCR fueron> 90 % en los días 1 a 3 de la enfermedad,<80% en el día 6 y <50% después del día 14; sin embargo, estos resultados deben interpretarse con precaución, ya que la prueba serológica utilizada no fue validada para la detección de infección aguda y las pruebas de IgM son tendentes a falsa positividad [4].
Las muestras del tracto respiratorio inferior pueden tener cargas virales más altas y es más probable que produzcan más pruebas positivas que las del tracto respiratorio superior [5,6]. En un estudio de 205 pacientes con COVID-19 que fueron muestreados en varios sitios, las tasas más altas de pruebas positivas de ARN viral se comunicaron tras el lavado broncoalveolar (95 %, 14 de 15 muestras) y esputo (72 %,72 de 104 muestras), en comparación con el hisopo orofaríngeo (32%, 126 de 398 muestras)[6]. Los datos de este estudio sugieren que los niveles de ARN viral son más altos y más frecuentes detectados en muestras nasales en comparación con muestras orales, aunque solo se analizaron ocho hisopos nasales.

 

1. Centers for Disease Control and Prevention. Interim Guidelines for Collecting, Handling, and Testing Clinical Specimens from Persons Under Investigation (PUIs) for Coronavirus Disease 2019 (COVID-19). February 14, 2020. https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-nCoV/lab/guidelines-clinical-specimens.html (Accessed on March 15, 2020).
2. World Health Organization. Coronavirus disease (COVID-19)
technical guidance: Surveillance and case definitions.https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/technical-guidance/surveillance-and-case-definitions (Accessed on February 28, 2020).
3. Fang Y, Zhang H, Xie J, et al. Sensitivity of Chest CT for COVID-19: Comparison to RTPCR. Radiology 2020; :200432.
4. Guo L, Ren L, Yang S, et al. Profiling Early Humoral Response to Diagnose Novel Coronavirus Disease (COVID-19). Clin Infect Dis 2020.
5. Yu F, Yan L, Wang N, et al. Quantitative Detection and Viral Load Analysis of SARS-CoV-2 in Infected Patients. Clin Infect Dis 2020.
6. Wang W, Xu Y, Gao R, et al. Detection of SARS-CoV-2 in Different Types of Clinical Specimens. JAMA 2020.